Foldit На Русском
«Фолдит», скриншот игры. Стрелочками показаны: Свойства белковой цепи: 1 — слишком близко расположенные атомы; 2 — водородная связь; 3 — гидрофобный аминокислотный остаток; поскольку он не защищен (то есть не спрятан внутрь молекулы белка), на нём «висит» желтая капелька; 4 — гидрофильный аминокислотный остаток; 5 — сегмент белкового «хребта» (то есть основной цепи), имеющий повышенную энергию и поэтому выделенный красным. Рабочие инструменты игрока: 6 — «резинки», с помощью которых игроки могут управлять автоматическими инструментами; 7 — «замораживание» белкового «хребта», сохраняющее данный участок неизменным при изменениях других областей белка. Интерфейс игры: 8 — панель, на которой показан текущий статус игрока, включая количество заработанных очков; 9 — список лучших игроков-одиночек и лучших команд; 10 — панель дополнительных инструментов и опций; 11 — чат для общения с другими игроками; 12 — «кулинарная книга» для создания новых автоматических инструментов, или «рецептов», по работе с белком.
Недавно группа американских исследователей создала полезную онлайн-игру под названием «Фолдит» (Foldit — «сложи это»). Играя в нее, вы можете помочь научному прогрессу, причем участвовать могут не только дипломированные специалисты, но и простые смертные.
AG.ru — старейший игровой сайт, история которого начинается 1998 году. За это время мы собрали. Foldit На Русском. 5/17/2017 0 Comments Игры, похожие на Foldit. Скриншоты, постеры к игре Foldit. По схожему принципу построен проект Foldit. Где собраны проекты с описаниями на русском. Игры, Foldit, оказывается одним из самых сложных проблем в молекулярной биологии в игру немного напоминает тетрис. Тысячи людей уже играли.
Вам предлагается решить одну из самых важных, обширных и нудных задач в биологии — определить правильную конформацию белка по его первичной последовательности. Но в игре от нудности не осталось и следа. На экране — разноцветная цепочка, которую надо сложить по определенным правилам. За верное решение начисляются очки, у каждого игрока есть собственный рейтинг. Можно объединяться в группы и решать задачи сообща — и при этом двигать биологию вперед. Как известно, белок в своем первичном, «раскрученном», состоянии, — это просто линейная цепочка аминокислот. Каждая аминокислота в этой цепочке обладает определенными свойствами — она может быть гидрофильной или гидрофобной, положительно или отрицательно заряженной, и так далее.
В зависимости от этих своих свойств аминокислоты начинают взаимодействовать. Гидрофобные аминокислотные остатки слипаются друг с другом и прячутся внутрь белковой молекулы, где нет воды. Гидрофильные же остатки торчат наружу, ведь содержащаяся в цитоплазме вода им ни капельки не страшна. Противоположно заряженные аминокислоты притягиваются, а одинаково заряженные — отталкиваются. Там, где это возможно, между аминокислотами возникают дисульфидные мостики и водородные связи. В результате всех этих взаимодействий белковая цепочка начинает изгибаться и сворачиваться, пока, наконец, не достигнет такой конформации, на которую «согласны» все содержащиеся в ней аминокислоты. В этом состоянии внутренняя энергия молекулы белка минимальна.
Казалось бы, нет ничего проще, чем высчитать, какую конформацию примет белок, исходя из его аминокислотной последовательности. Но не тут-то было! Одна-единственная возможная конформация существует только для совсем коротеньких и простых белков. Чем белок длиннее, тем больше различных конформаций он может принять, но только одна из них будет верной.
И в результате бедный ученый остается один на один с длиннющей аминокислотной последовательностью, которая может сложиться десятью разными способами. Конечно, существует специальная программа под названием, которая высчитывает правильную конформацию белка исходя из его аминокислотной последовательности (или, наоборот, подбирая оптимальную последовательность под структуру искусственно синтезируемого белка). Но — увы! — и «Розетта» совершает ошибки. Судя по всему, компьютер зачастую просто не может вычислить верную структуру белка, потому что для этого необходимы человеческое пространственное мышление и интуиция. Большая группа американских ученых решила подойти к проблеме с другой стороны и превратить занудную и просто неохватную задачу (ведь белков — десятки и сотни тысяч) в интересную игру. Пазл, в котором необходимо вначале «расплести» белковую цепочку, а потом сложить ее правильно.
Изображение из обсуждаемой статьи в Nature Условия игры просты: дается аминокислотная последовательность и игрок крутит и вертит ее до тех пор, пока она не приобретет оптимальную трехмерную структуру. Чтобы ввести в курс дела новичков, есть несколько тренировочных задачек-пазлов, решая которые, можно разобраться в основах игры. Чтобы подогреть активность участников, разработчики создали рейтинг лучших игроков (причем, как оказалось, некоторые из лучших игроков профессионально занимались биохимией).
Кроме того, решать пазл можно не только в одиночку, но и целой командой. Как оказалось, люди нередко справлялись с предложенным пазлом лучше, чем «Розетта» — особенно тогда, когда для достижения правильной конформации нужно было вначале слегка распутать белковую цепочку, в результате чего ее энергия повышалась. Программа в таких случаях заходила в тупик и выдавала неправильное решение, поскольку в нее было «забито», что повышение энергии — вещь нежелательная. Однако для людей это не было проблемой, поскольку они понимали, что после того, как они повернут цепочку желаемым образом, ее энергия снова понизится.
К тому же, каждый человек применял свою уникальную тактику для решения задач, а программа всё время действовала однотипно. Слепой тест показал, что из десяти предложенных пазлов люди справились с задачей лучше, чем «Розетта», в пяти случаях, в двух случаях победил компьютер, а три случая можно назвать ничьей. Разработчики полагают, что идеальным вариантом было бы комбинировать «Фолдит» и «Розетту», чтобы людям не пришлось возиться с первоначальной укладкой белковой цепи, которую может хорошо выполнить компьютер, а приниматься за дело только тогда, когда для дальнейшего складывания белка потребуется человеческий взгляд. Источник: Seth Cooper, Firas Khatib, Adrien Treuille, Janos Barbero, Jeehyung Lee, Michael Beenen, Andrew Leaver-Fay, David Baker, Zoran Popović & Foldit players. Чтобы начать играть, надо зарегистрироваться и поставить на компьютере специальную программу. О том, как всё это сделать, написано.
Вера Башмакова. Играл вчера из под Linux. Возникла интересная мысль. Насколько вычислительно-сложной является задача поиска оптимальной конфигурации белка. Какая это задача P или NP? Является ли задача приспособляемости живого организма к условиям окружающей среды P или NP?
Является ли задача создания живого из неживого P или NP? Решает ли Природа все предидущие задачи методом перебора, если даже для них существуют P-алгоритмы решения? Хотя утверждается, 1 задача NP-полная http://www.eecs.berkeley.edu/christos/hp.ps. Вообще-то это в ряде аспектов конкурирующий с Розеттой проект.
По сравнению с которым у него есть ряд как преимуществ и недостатков, но оба этих проекта на равных считаются ведущей русскоязычной командой рапределенных вычислений TSC! Russia: Вот подробный разбор особенностей каждого проекта: 15 72 Кратко о технических моментах: R@H использует общий для множества других проектов клиент BOINC, отличающийся дружественностью интерфейса, понятностью и информативностью визуализации расчетов, но не задействует в расчетах графические процессоры (GPU), более требователен к объемам оперативной памяти и создает обильный траффик. F@H использует клиент собственной разработки, менее информативный и временами менее стабильный, но способен использовать вычислительные ресурсы в полной мере. Можно рассчитывать оба проекта одновременно, разделив ресурсы.
Так, многие кранчеры полагают оптимальным отдать CPU Розетте, а GPU Фолдингу, поскольку по сравнению с мощностями современных графических ускорителей вклад CPU в расчеты Фолдинга невелик, а для Розетты это единственный ресурс. Игра отличная!
Порекомендую ее своему знакомому квантовику-затейнику. Хотя, поди, уж знает:).Давным-давно на кафедре ОХТ в МГАТХТ (Москва) появился более-менее персональный компъютер. И даже - несколько таких.
А потом был тетрис! Народ стал приезжать на работу с утра, а уезжать поздно. Одна дама мне рассказывала (я не разделял любви к тетрису): - Едишь в метро. Пока о чем-то конкретном думаешь, все нормально.
T Tq На Русском
Но стоит отвлечся на пустяки, как в голове тут же рисуется стакан и туда начинают сыпаться фигурки. Когда ловишь себя на этом, думаешь сразу: 'А что делают руки?' Перед пассажирами метро неудобно сумасшедшей-то выглядеть.' Я: - Нормально. Дома, например, компьютера нет, а поиграть хочется.
Она: - Так быстро доиграться можно! Я: - Ну да, игра в этом смысле 'подвижная' для головы.А Foldit - не такая же зараза?:).
Наверное, особенно впечатляюще вся сцена с оптимизацией выглядела бы в 3D с возможностью руками: расплетать спирали и сплетать по новой; сближать выпуклости с вогнутостями, гидро-фильные/-фобные группы с гидро-фильными/-фобными группами, воспользоваться возможностью попутешествовать внутри белка или/и снаружи по отдельности там и там или вместе в сопоставлении; опять же таки в трехмерном пространстве панели управления могут быть удобно расставлены по пространству; дополнительные параллельные визуализации проще сопоставимы etc. (А если бы и другой софт устремился туда же, то мой знакомый мог бы попытаться выбить у начальства 3D монитор с перчатками:) и с работы уже не уходить; сам он разработал (и продолжает) софт для доккинга лигандов в белки (кванты, генетические алгоритмы и т.д.).) Я, так понимаю, это не коммерческий проект.
Не знаю, могут ли быть препятствия и какого рода - возможно, могут - к частичной коммерциализациии затеи. Нужен ежегодный (на экспериментальный срок, скажем, 2 года) призовой фонд (допустим, $13000=$10000(I место)+$8000(II)+$5000(III)). Может быть, характеристическое время меньше, и премии за решения стоит выплачивать 2 раза в год. Фонд - за счет спонсора: есть же добрые умные люди богатые, говорят, в США.
Это привлечет определенную аудиторию и создаст рекламу. Если возможно оценить как-то эмпирически ожидаемую сложность задачи, это тоже было бы важно учитывать при распределении премий. Таким образом народ бы получил соревнование с материальным вознаграждением, проект - почти бесплатных азартных работников, наука - данные. И, кто знает, если полно любителей складывать пасьянсы и гонять шарики в Mines, может среди этого не такого уж малого числа граждан, начнется небольшое легкое помешательство? Любой псих может сказать себе 'я так вижу' и повернуть цепи так, что они лягут правильно.
Но шансов у дипломированного - больше. Опять же таки Розетту посрамить.
Слышал в америке рассчитывали вирус на молекулярном или атомном уровне. Они задавали точки с определенными координатами вокруг атома или молекулы и расчет вели по изменению напряженности поля которое меняется при движении атомов или както по другому? Читал что есть таблицы на основе экспериментов в электронвольтах по взаимодействию атомов и несложных молекул. Много информации нашел на химик.ru но не всю жалко.Игру попробую поставлю. Только можно наверное для лечения проектировать меньшие по размерам и самодвижущиеся из др атомов и лучше молекулы может даже собирая атом к атому.
Может програмку соберут для школьников.Да чтоб молекулы мышкой крутить энергетические пороги энергия разрыва связи и мн.др.В'эв' или про эксперимент прочитаю вроде ясно что-то становится. Может среди школьников есть такие что на результатах одних экспериментов придумают много новых экспериментов. Не всем же быть теоретиками. А откуда берётся энергия для распутывания? Об этом они думают?
Если распутывание - реальная стадия процесса, то для него необходим какой то инициирующий источник ('спичка') и цепная реакция. Есть ли в реальной системе возможность использования энергии одних молекул для распутывания других? То есть ли там механизм реализации цепной реакции? И есть ли в реальной системе механизм 'поджига' реакции и энергия для него? Если ответ хотя бы на один из этих вопросов отрицательный, то молекула сложится не в оптимум, а в локальный минимум.
Если же всё есть, то остаётся ещё один вопрос. Молекулы же не в идеальном реакторе плавают, а в реальной среде. Каков энергетический выход реакции?
Он покрывает потери? Если нет, то получим смесь оптимальной и не оптимальной форм. Таким образом, в задачу добавляется ещё один фактор. Или же исходные данные нифига не соответствуют исходной конфигурации реальных молекул (например, они сразу синтезируются в оптимальной форме)? Тогда эти вопросы к задаче не относятся. И нельзя ли изучить формы белковых молекул экспериментально?
FoldIt Год выпуска: 2007 Жанр: Online Puzzle. Разработчик: UW Baker Lab Издательство: UW Baker Lab Платформа: PC Системные требования: O/S: Win/MacOS/Linux CPU: Intel Pentium IV 1.6 GB or AMD2200 processor Memory: at least 512 MB of RAM Hard Disk: 200 MB Video Card: 128MB integrated graphics card Тип издания: лицензия Язык интерфейса: английский/русский Таблэтка: Не требуется Описание: Первая игра, позволяющая получить реальные научные результаты.
Игра похожа на объемный тетрис, в котором требуется оптимальным образом свернуть белок. Решение каждой задачи приносит определенное количество баллов, отражающих потенциальную энергию белка в полученной конформации. Также в игре есть обучающие уровни, помогающие игроку быстрее усвоить правила. Интересно, что способность хорошо играть в Foldit слабо коррелирует с качествами, необходимыми настоящему ученому. Так что этот проект интересен возможностью отыскать среди обыкновенных людей тех, кому дарована способность «чувствовать» структуру белка. Информация: Для начала необходимо зарегистрироваться на сервере.
После этого рекомендую пройти тренировочные уровни. Они могут показаться нудными и совсем непонятными, но помогут понять суть игры и откроют все необходимые инструменты. После можно приступать к «реальным» задачам. Люди, играющие в компьютерные игры, в некоторых случаях могут сравниться и даже превзойти суперкомпьютеры по вычислительной мощности. Применить эти способности на деле можно в новой игре FoldIt: она предлагает людям использовать интуицию для создания трехмерных структур протеинов. Обычно для этих целей ученые используют рентгеновскую кристаллографию, но такая технология очень дорога, медленно работает и не подходит для определения структуры некоторых протеинов. Но и виртуальное моделирование не так просто - оно требует больших вычислительных мощностей, ведь даже протеин среднего размера теоретически может иметь больше форм, чем существует частиц во всей Вселенной.
Купить книгу «Краткий справочник архитектора: ландшафтная архитектура» автора и другие. Назад Краткий справочник архитектора: ландшафтная архитектура / И.Д. Родичкин и др. Краткий справочник архитектора ландшафтная архитектура.
Решить эту проблему взялись двое ученых из Вашингтонского университета (Сиэтл) - молекулярный биолог Дэвид Бейкер (David Baker) и Зоран Попович (Zoran Popovic). Они разработали относительно простую видеоигру, в которой можно захватывать, толкать и растягивать 3D-модель белка. Цель игрока – собрать как можно больше очков путем минимизации полной энергии протеина. FoldIt стала хитом – с мая 2008 года ее скачали более 100 тысяч человек. В журнале Nature от 5 августа 2010 года создатели игры опубликовали результаты своего эксперимента.
Точность прогнозирования структуры белков с помощью игры оказалась самой высокой из всех аналогичных экспериментов, включая использование ресурсов домашних компьютеров по старой программе Rosetta@home. Выяснилось, что пространственное мышление человека намного превосходит все существующие компьютерные алгоритмы. И хоть компьютеры обгоняют мозг человека по количеству операций в секунду, но для такого воображения, как у людей, им еще очень далеко. Хреновый перевод на русский, однако! А Вы использовали тот, который идет в раздаче или встроенный? Вот встроенный и правда никуда не годится, а в раздаче перевод более менее адекватный как мне кажется. Правда уже несколько раз серьезно обновлялась сама игра, поэтому возможно в переводе часть текста отсутствует.
На Русском Языке
Чаще всего у новичков проблемы вызывает не понимание текста, а сама механика игры. Поэтому Вам с радостью помогут в внутриигровом чате по всем вопросам Также совсем недавно вышла статья о том как игроки fold.it помогли решить проблему, которую не могли решить 15 лет, подробности на русском можно прочесть например здесь. Название приведите пожалуйста в соответствие с правилами раздела; 2. Размер постера - 1024.768, а максимальный размер постера по правилам - 500.500. Исправьте пожалуйста; 3. Foldit-osxx86.zip Приведите пожалуйста обоснование применения этого архива и скриншот его содержимого; 4. Вот эти файлы похожи на обои для рабочего стола, а не скриншоты с игры: FolditWallpaper1024x7680.jpg 233.09 KB (238687) FolditWallpaper1208x10240.jpg 332.16 KB (340139) FolditWallpaper1208x10241.jpg 332.16 KB (340139) FolditWallpaper1600x12000.jpg 377.04 KB (386098) FolditWallpaper1680x10500.jpg 359.05 KB (367672) FolditWallpaper1920x10800.jpg 394.40 KB (403866) FolditWallpaper1920x12000.jpg 422.95 KB (433105 Правила о том, что может находиться в раздаче - 5.
Скриншотов должно быть минимум три, минимальный размер - 640.480 точек.